Diversité génétique et relations du matériel génétique de l’igname de Guinée (Dioscorea cayenensis Lam.–D. rotundata Poir. complex) au Bénin (Afrique de l’Ouest) à l’aide de marqueurs microsatellites

L’igname de Guinée (Complexe Dioscorea cayenensis–D. rotundata) est une importante culture de tubercules contribuant fortement à la sécurité alimentaire et à la réduction de la pauvreté au Bénin avec 64 races locales.

La connaissance et la compréhension de l’étendue de la variation génétique de l’igname de Guinée est importante pour la planification de la conservation génétique et l’utilisation de cette ressource.

64 races locales d’igname dont les copeaux séchés sont considérés comme résistants aux attaques d’insectes en utilisant 41 répétitions de séquences simples avec 13 qui se sont révélés polymorphes donnant 113 allèles polymorphes.

A Singou et Tchakatchaka, un gène avec un allèle unique est observé et utilisé pour la culture de certaines races locales d’igname.

Le matériel génétique de l’igname a un haut degré de diversité génétique soutenu par une hétérozygotie moyenne observée de 0,78.

Répartition sur deux clusters et 5 sous-clusters avec présentation d’un niveau nul d’association entre la diversité génétique et l’origine géographique des races locales d’igname.

La diversité génétique et l’évaluation des relations entre les 64 races locales d’igname du Bénin pourraient fournir des informations utiles dans l’identification et la sélection correctes des parents appropriés pour les programmes de culture.

Citation:

Loko, Y.L., Bhattacharjee, R., Agree, P.A., Dossou-Aminon, I., Orobiyi, A., Djedatin, G., Dansi, A., 2017. Genetic diversity and relationship of Guinea yam ( Dioscorea cayenensis Lam .– D . rotundata Poir . complex ) germplasm in Benin ( West Africa ) using microsatellite markers. Genet. Resour. Crop Evol. 64, 1205–1219.

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Diversité génétique et structure de la population dans la collection de variétés locales de pois cajan du Bénin [Cajanus cajan (L.) Huth] révélée par les marqueurs SSR et SNP à l’échelle du génome

Le pois cajan [Cajanus cajan (L.) Huth], précieuse culture polyvalente utilisée localement dans les ménages pour la sécurité alimentaire ainsi qu’en médecine traditionnelle au Bénin.

Potentiel agronomique du pois cajan indéterminé non seulement à cause de la négligence dans sa culture mais aussi du manque d’évaluation de ses ressources génétiques.

Deux types de marqueurs (SNP et SSR) sont informatifs dans l’analyse du polymorphisme révélant toute la variabilité génétique du pois cajan.

L’inférence de la structure génétique subdivise l’ensemble de la collection en trois grands groupes indépendants en fonction du type de marqueur

Le pouvoir de résolution dans l’analyse de la structure de la population est plus élevée pour le marqueur SNP que pour le SSR.

Structure de la population plus claire avec le marqueur SNP qu’avec SSR

Etude permettant d’avoir un aperçu clair sur la diversité génétique du pois cajan au Bénin et représente le premier rapport comparant la performance des marqueurs SSR et SNP pour l‘analyse génétique des populations de pois cajan.

Résultats offrant globalement une bonne opportunité non seulement d’améliorer des traits d’intérêt, mais aussi pour définir les stratégies de conservation et de sauvegarde des variétés locales de pois cajan en culture au Bénin.

Citation:

Zavinon, F., Jens, H.A., Lehnert, H., Ordon, F., Perovic, D., 2020. Genetic diversity and population structure in Beninese pigeon pea [ Cajanus cajan ( L .) Huth ] landraces collection revealed by SSR and genome wide SNP markers. Genet. Resour. Crop Evol. 67, 191–208.

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Diversité génétique et différenciation des populations de variétés locales traditionnelles de millet fonio (Digitaria spp.) de différentes zones agro-écologiques d’Afrique de l’Ouest

Le fonio (Digitaria exilis Stapf, D. iburua Stapf) est une culture vivrière indigène précieuse dans l’Afrique de l’Ouest

Première approche qui étudie la diversité génétique au sein d’une grande collection du fonio puis évalue sa structure et le modèle de distribution régionale basé sur les marqueurs AFLP.

Différentiation nette entre les deux variétés et un regroupement des accessions de D. exilis dans trois groupes génétiques en fonction de leurs origines géographiques

Diversité génétique inégalement répartie avec l’essentiel observé dans le Haut bassin du Niger contrairement à ce qui se passe dans la zone de montagne de l’Atacora de très faible diversité.

Grande partie de la variation génétique résidant parmi les groupes génétiques (70%) et le pays d’origine (56%), avec une nette différentiation génétique au sein de D. exil.

Influence du système d’accouplement (consanguinité ou apomixie), de la sélection agricole et des adaptations écologiques ainsi que des effets fondateurs dans la constitution génétique des races locales contribuent conjointement à la structure génétique détectée chez cette céréale.

Résultats obtenus pertinents pour le développement des stratégies de gestion efficace et de conservation pour les ressources génétiques du fonio dans leurs zones de culture traditionnelle.

Nécessité de fournir des efforts dans la culture, les programmes de conservation, les connaissances définitives sur le système reproducteur de ces millets indigènes

Citation:

Adoukonou-sagbadja, H., Wagner, C., Dansi, A., Ahlemeyer, J., Dainou, O., Akpagana, F., Ordon, K., Friedt, W., 2007. Genetic diversity and population differentiation of traditional fonio millet (Digitaria spp.) landraces from different agro-ecological zones of West Africa. Theor Appl Genet 115, 917–931.

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