La biodiversité au sein du lac est constituée de phytoplancton, de zooplancton, des macro-invertébrés (86 taxons) comme les insectes (50% des espèces de macro-invertébrés), les mollusques et les crustacés (40%) et les annélides, les arachnides et les nématodes (moins de 10%) et des espèces de poisson.

Le nombre d’espèces de poisson est passé de 87 en 1960 à 51 en 2001.

Les 30 dernières années, Ethmalosa fimbriata (Ethmalose d’Afrique) représentait environ 40% des captures annuelles, suivie de Sarotherodon melanotheron (Tilapia) et Gerres melanopterus (Friture argentée) représentant entre 25% et 10% des captures annuelles.

E. fimbriata est plus retrouvée au sud du lac, S. melanotheron au nord-ouest et G. melanopterus au nord et au nord-est.

L’urbanisation et la coupe des arbres pour la fabrication des acadja ont provoqué la destruction de la mangrove sur les rives sud et ouest du lac et la suppression de la protection naturelle de l’écosystème contre la charge croissante en nutriments des eaux usées.

La conséquence est une prolifération de la jacinthe d’eau dont la décomposition combinée à celle des bois d’acadja perturbent les habitats des macro invertébrés et des poissons.

On observe dans le système un passage progressif des espèces d’eau douce aux espèces d’eau marine et des poissons insectivores aux poissons détritivores. Cela s’explique par le creusement important du chenal de Cotonou (vers la mer), suite à la construction du port de Cotonou en 1960.

Les solutions de gestion nécessitent la réduction de l’accumulation de détritus et de la charge externe de nutriments.

Djihouessi, Metogbe Belfrid, Djihouessi, Mahougnon Bernauld, Aina, M.P., 2019. A review of habitat and biodiversity research in Lake Nokoué, Benin Republic: Current state of knowledge and prospects for further research. Ecohydrology & Hydrobiology 19, 131–145.